La risposta a tutte e tre le domande è "NO". Seguito da un bel "dipende dal compilatore", ovviamente (e dagli switch di compilazione in particolare). Inizia col leggere questo.

Senza ricompilazione, la dimensione dei tipi gestita dal codice binario è assolutamente invariante. La retrocompatibilità del codice legacy è quasi sempre assicurata, specialmente nel passaggio 32->64 bit. Se si vogliono evitare molte sorprese, si usino a piene mani struct e union con campi di bit, che se usate adeguatamente garantiscono in molti casi l'ampiezza in bit perfino in codice destinato a compilatori e target del tutto eterogenei.


PS: BCB3 genera unicamente codice a 32 bit, quale che sia il sistema target prescelto nella famiglia NT.

Non hai certamente bisogno di una union per leggere un int con una fread.. Il seguente codice è sufficiente:
fread(&n, sizeof(n), 1, FileDati);
Ma alla fine, se la dimensione è importante, meglio usare int32_t o __int32 o simili..

Sì. L'architettura amd64 era stata pensata per essere retrocompatibile ed è in grado di eseguire senza problemi applicazioni a 32 bit. In effetti, credo che la maggior parte dei programmi che ho sul mio pc (che ha installato Windows 7 64bit) sono a 32 bit.

L'unica "certezza" è che l'informatica applicativa è una scienza sperimentale, con tutti i suoi pro e contro. Un pro è sicuramente quello che chiunque può replicare gli esperimenti e che la risposta a quasi ogni domanda può essere ricavata in locale dal vostro computerino.

Dunque non resta che dotarsi di un paio di piattaforme hardware, varie licenze di SO (meglio su macchina virtuale come VMWare) ed effettuare tutti i test del caso, come fin dagli albori della disciplina softwarehouse di ogni dimensione e singoli sviluppatori hanno sempre fatto per condurre test di compatibilità dei propri applicativi.

Sviluppare software funzionante è (anche, e soprattutto) un'attività ingegneristica: come in tutti gli altri rami di questa disciplina gran parte delle "certezze" di dettaglio derivanti dal calcolo e dalla teoria acquistano il giusto valore aletico solo e unicamente quando asseverate sperimentalmente (il che, per inciso, non è attività a costo nullo, anche se nelle ultime tre decadi i costi si sono abbattuti con velocità esponenziale).