Potresti farlo così:
function ordina(arr) {
var newArr=[];
while (arr.length > 0) {
newArr.push(arr.shift());
if (arr.length > 0)
newArr.push(arr.pop());
}
return newArr;
}
In pratica crei un nuovo array, poi scorri quello vecchio e ad ogni ciclo metti nel nuovo array prima il primo elemento di quello vecchio e poi l'ultimo.
Ad ogni ciclo le istruzioni pop() e shift() rimuovono dal vecchio array gli elementi che hai aggiunto, così nei cicli successivi non li trovi più.
Spero di essere stato abbastanza chiaro, comunque il codice è piuttosto semplice...