Provo a descriverti come gestisco io la situazione, anche se le mie dimensioni penso siano nettamente più "piccole" delle tue: io ho solo una decina di clienti da gestire, quindi tutto sommato potrei fare anche "a manina" come si dice. 

Ti dico subito che non utilizzo particolari software ma soltanto SourceSafe come repository del codice e per il versioning.

All'interno della base dati ho inserito una tabella di versioning che utilizzo per inserire informazioni riguardanti la versione dell'applicazione (e quindi del database).

Ogni rilascio prevede che ci sia una parte di codice (che non interessa per l'argomento) e uno script sql.
Lo script, oltre a effettuare le modifiche del caso, aggiorna la tabella di versioning.
Forse è una cosa scontata ma tengo a precisare che ogni aggiornamento viene fatto attraverso questo script e, assolutamente, non si modifica il database "a mano" altrimenti cade tutto il discorso. Un altro requisito è che i database siano tutti "strutturalmente" identici, altrimenti il discorso cade ancora.

Quindi quando aggiorno devo soltanto conoscere la versione "di partenza" del database per sapere quali script è necessario eseguire (cioè devo leggere la tabella di versioning). Il giorno in cui i clienti aumenteranno a dismisura penserò a come automatizzare questo processo...

Una situazione particolare è prevedere script diversi a seconda della versione del motore del database: io ad esempio devo gestire database sql2000, sql2005, sql2008, con regole di confronto Case sensitive e non. Anche se cerco di rendere il più possibile compatibili gli script in modo da averne uno per tutti, alcune volte sono costretto ad avere uno script diverso per ogni motore (e magari differisce solo per una virgola...). Questo significa che devo anche sapere quale motore hanno i vari clienti... anche qui vale lo stesso discorso: quando i clienti aumenteranno a dismisura penserò a come automatizzare il processo...

Non so se può essere stato utile quanto ho descritto. Nel caso non lo fosse stato chiedo scusa.

dZ

Qua mi sa che entra in gioco anche un fattore diciamo "politico". 
Preso per buono che il più delle volte la modifica al volo è una personalizzazione per il cliente X piuttosto che un baco, si rischia di finire nella situazione in cui:
- il cliente X ha la versione 1.1.2;
- il cliente Y ha la versione 1.1.2 con la stored s1 modificata;
- il cliente Z ha la versione 1.1.2 con la stored s2 modificata (ma la s1 no);

poi passa del tempo, le versioni cambiano e si arriva alla 1.2.0: il cliente Y, non aggiornato da tempo, chiama dicendo che ha trovato un baco.
Ma Y che versione ha?
io penso che la versione "1.1.2 con la stored s1 modificata" non sia una versione, ma un ibrido (aggiungo anche ingestibile). Soprattutto nel caso specifico in cui Y si trova molto "arretrato" in fatto di aggiornamenti (chi si ricorda cosa abbiamo fatto a Y? chi è andato ad installare? non lo so, non mi ricordo... e via dicendo).
Volendo posso aggiungere che mi è anche capitato di perdere alcune modifiche per strada (vuoi per negligenza, vuoi per fretta....) causando una vera e propria giungla in cui tante volte si rischia di non capire più niente.

E quindi per poter rispondere correttamente (e in modo chiaro e completo) alla domanda:
"Ma il cliente Y che versione ha?"
in azienda abbiamo adottato la seguente soluzione "politica": i bachi (si dovrebbe dire i POCHI bachi  ) si risolvono anche presso il cliente ma all'istante se ne dà comunicazione in sede, perchè si provveda a rilasciare al più presto una versione corretta. Le personalizzazioni si inseriranno invece in una versione "futura" (gestita dalla sede, dunque una "Versione" vera e propria).

So che questa cosa potrebbe creare dissenso, malumori, e via dicendo, ma ritengo che il versioning sia fondamentale, non tanto dal punto di vista della programmazione, quanto da quello della gestione.
Sinceramente non mi sono mai posto il problema di ricercare un software che mi sistemi i problemi in questione (se ce ne fosse uno che però li risolve completamente ben venga): penso sia più un problema organizzativo e di gestione del progetto.

Non so se mi sbaglio, poi ripeto: io vivo in una "piccola" dimensione di una decina di clienti, se qualcuno di loro trova un baco ci telefona, noi glielo sistemiamo, creiamo una nuova versione e gliela inviamo via mail oppure aggiorniamo direttamente attraverso un collegamento remoto. Se richiede una personalizzazione se ne studia la fattibilità. Ad ogni modo (tranne casi eccezionali) la versione "esce" dalla sede, ed è una versione generale, non una versione per il cliente X.

dZ

ps. spero di non essere andato fuori tema, nel caso scusatemi!