Dipende da come inserisci i link nelle tue pagine del sito.

Facendo un esempio pratico, nella tua home page come inserisci i link verso le pagine interne?
Se sulla barra degli indirizzi viene visualizzato l'url reale molto probabilmente è perchè tu linki le pagine in quel modo anzicche linkare con l'url rimappata. Linkale in questo modo:
http://www.miosito.it/XXX/

se il rewrite funziona il client visualizzerà tale url ed avrà in realtà il contenuto della pagina http://www.miosito.it/page.php?id=XXX

No non aggiungere il 301, 301 è un redirect quindi imponi al server di inviare il client sulla pagina "originale" dalla pagina rimappata, di conseguenza succede che come premi invio ti manda sulla pagina originale come tu asserivi nel tuo messaggio.

L'esempio che mi hai postato di url rewrite sembra corretto, è questo che non funziona? E' l'unica direttiva che hai nel files?

L'unica cosa che mi viene in mente è quella di semplificare un poco la regola om ettendo il dominio in questo modo

Bene, si effettivamente per le referenze di immagini, css, javascript ti conveine sepre caricarle con il percorso intero partendo dalla root esempio, trovandoti in profili/35346/23454/

Per andare nella cartella images che presuppongo sita nella root non inserire i path in questo modo:
../../../images/miaimmagine.jpg

bensì usa questa:
/images/miaimmagine.jpg

con questa seconda url, ovunque tu ti trovi l'immagine viene sempre trovata, non è relativa, quando inizi il path con "/" è assoluta partendo dalla root.

Saluti